Vor allem bei natürlichen Heilmitteln ist bei der Einnahme durch Kinder Vorsicht geboten. Nicht immer können sie bedenkenlos wie bei Erwachsenen angewendet werden. Hier gelten für Manuka Honig Produkte dieselben Regeln wie für herkömmlichen Honig. Manuka Honig darf dementsprechend nicht vor dem ersten Lebensjahr bei Kleinkindern angewendet werden. Da es sich um ein vollkommen natürliches Produkt handelt, kann der Honig Botulinum-Bakterien enthalten, für die das Verdauungssystem des Kleinkindesnoch nicht ausreichend entwickelt ist. So ist  es möglich, dass Kleinkinder durch die Einnahme von Manuka Honig an Botulismus erkranken. 

Ist das Kind alt genug, kann Manuka Honig problemlos angewendet werden.